水流经过电子水处理器时，在低压微电流的作用下，物理性能发生改变，水分子中的电子将被激发，从低能阶轨道跃向高能阶轨道，引起水分子的电位能损失，使其电位下降，致使水分子与接触界面的电位差减少，甚至趋于零，导致水中所含盐类离子因静电引力减弱而趋于分散，不致趋向器壁积聚，从而防止水垢生成；离子自由活动能力大大减弱，器壁金属离解也将受到抑制，对无垢的新系统起到防腐作用；同时水中微电流破坏微生物的生存环境，另外在水中形成的活性氧自由基能氧化微生物的细胞膜，破坏微生物的歧化酶，从而杀灭水中的微生物，达到杀菌灭藻的目的；水中密度较大的带电粒子或接近颗粒沉淀下来，使水部分净化，具有部分除去水中有害离子的作用。